Il y a plus de 500 000 ans, l'Homme s'établissait dans la vallée de la Creuse Tourangelle. Cette occupation est attestée par la découverte de nombreux outils en silex taillés. La fin du Néolithique est matérialisée par des mégalithes. On retrouve ces témoignages dans les communes environnantes, à St Rémy sur Creuse et bien sûr, à Abilly et au Grand Pressigny.
Dans les premiers siècles de notre ère, notre cité s'appelait Haya, ce qui signifie " haie " en latin.
La mise à jour de nombreux vestiges et les restes d'une voie romaine dallée ont témoigné d'une importante activité à l'époque Gallo-Romaine, entre le Nord et le Sud.
Au Moyen-âge, Haya devint La Haye en Touraine. Il ne s'agissait plus d'une simple châtellenie dont le premier seigneur connu fut Adelande. Foulques Nerra ou ses descendants firent construire un château fortifié, semble-t-il l'un des dix premiers construits en pierre, édifié avant l'an 1000. La Haye devint par la suite une baronnie. Celle-ci fut transmise, le plus souvent par alliance, à différentes Maisons et fut vendue en 1555 à la Famille de Rohan. Du puissant château seigneurial il ne reste plus, aujourd'hui, que les vestiges de la motte féodale et les douves sèches.
Durant les guerres de religion, La Haye dut subir plusieurs sièges et fut le théâtre d'âpres batailles. Conquise par les Protestants en 1566, la ville fut reprise tout aussitôt après par le Vicomte de Paulmy.
Longtemps située sur la route menant vers l'Espagne, la ville accueillit les pèlerins qui se dirigeaient vers Saint-Jacques de Compostelle et vit passer aussi quelques cortèges royaux. La cité perdit de son influence à partir de 1750 lorsqu'il fut décidé de suivre l'axe Tours - Sainte Maure - Châtellerault.
Durant la Révolution, La Haye en Touraine garda un certain retrait vis-à-vis des évènements nationaux et ceci malgré l'activité particulièrement intense de la Société Populaire, antenne des Jacobins, qui fut longtemps dirigée par Jean-Baptiste Brung.
C'est à cette époque, en février 1794, que fut émis le souhait de baptiser la commune La Haye - Descartes. L'autorisation arriva le 10 Vendémiaire an XI (2 octobre 1802).
Né le 31 Mars 1596, René Descartes fut baptisé à l'église Saint Georges quelques jours plus tard.
Le 14 avril 1867, René Boylesve vit le jour dans cette ville. Il deviendra plus tard romancier et membre de l'Académie Française.
C'est à Descartes également que grandit René de Buxeuil, chansonnier et compositeur du début du 20 ème siècle
Dès le milieu du XIXème siècle, sous l'impulsion d'imprimeurs de Tours, papeteries et cartonnages s'implantèrent au bord de la Creuse ; là se trouvaient jumelées l'énergie hydraulique et la voie ferrée installées entre la rivière et la route départementale n° 750.
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La Haye-Descartes a subi les affres de la Seconde Guerre Mondiale. De 1940 à 1942, elle se trouvait sur la Ligne de Démarcation. Le pont fut détruit en juin 1940 puis en août 1944. Plusieurs maquis se livrèrent à des activités de Résistance dans la Région et participèrent à la libération de la ville en septembre 1944.
Mais c'est neuf de ces habitants qui firent l'honneur de la commune durant cette période difficile. En effet, la famille Goupille, aidée par leur gouvernante Odette Métais et les époux Renard, ont fait passer la ligne de Démarcation à des centaines de personnes, Juifs, évadés, pilotes abattus... ou les ont cachés dans les fermes environnantes. Ils furent arretés et déportés. M. Renard en rescapa mais ne survécut que quelques mois aux traitements subis dans les camps. La famille Goupille en revint et reprit une vie faite de témoignages. Le Comité Yad Vashem a reconnu ces héros comme « Justes parmi les Nations », faisant de Descartes la commune comptant le plus de Justes d'Indre et Loire. Cela honore également tous ceux qui ont aidé ces familles à sauver ces vies.
La ville s'est appelée successivement Haya, La Haye en Touraine, puis La Haye - Descartes, et depuis sa fusion avec la commune voisine de Balesmes, en 1967, la ville s'appelle DESCARTES d'après le patronyme du philosophe Descartes.
Sur la place de l'Hôtel de ville, une statue à l'effigie de René Descartes a été érigée en 1849, par Nieuwekerke, coulée à la fonderie d'Abilly.
Le blason de la ville de Descartes est: "D'or à la fasce de sinople chargée de trois tours d'argent, maçonnées de sable".
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